В выставляемом счете указывать сумму НДС не нужно. Объясним почему.
НДС облагаются реализация товаров (работ, услуг) на территории РФ, а также иные операции, перечисленные в п. 1 ст. 146 НК РФ. Среди них возмещение расходов, понесенных на уплату штрафов, не названо.
В налоговую базу по НДС также включаются суммы, каким-либо образом связанные с оплатой реализованных товаров, работ и услуг (подп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ). Но компания не реализовывала в адрес субподрядчика товары (работы, услуги). Напротив, она является покупателем работ, которые выполняет субподрядчик.
В рассматриваемой ситуации компания понесла расходы на уплату штрафа, который был ей выписан по вине субподрядчика, и предъявила эти расходы субподрядчику для их возмещения. Согласно п. 2 ст. 15 ГК РФ под реальным ущербом понимаются, в частности, расходы, которые лицо, чье право нарушено, произвело или должно будет произвести для восстановления нарушенного права. Так как субподрядчик своими действиями нанес компании реальный ущерб, она вправе требовать его возмещения (п. 1 ст. 15 ГК РФ). Таким образом, предъявляемая к оплате субподрядчику сумма никак не связана с оплатой товаров (работ, услуг) и представляет собой возмещение нанесенного компании ущерба. Соответственно, такая сумма в налоговую базу по НДС не включается и компании не нужно в выставляемом субподрядчику счете указывать НДС.
Это подтверждается разъяснениями Минфина России. В письме от 27.10.2017 № 03-07-11/70530 специалисты финансового ведомства указали, что поскольку денежные средства, полученные в счет возмещения нанесенного ущерба, не связаны с операциями по реализации товаров (работ, услуг), такие денежные средства в налоговую базу по НДС не включаются. Аналогичный вывод следует и из разъяснений, данных в письме Минфина России от 15.03.2019 № 03-07-08/17235.