Суммы НДС, предъявленные налогоплательщику при приобретении на территории РФ товаров (работ, услуг) для осуществления операций, облагаемых НДС, подлежат вычету. Он осуществляется после принятия на учет таких товаров (работ, услуг) и при наличии счетов-фактур, выставленных продавцами (п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ).
В соответствии с п. 1.1 ст. 172 НК РФ указанные налоговые вычеты могут быть заявлены в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия на учет приобретенных товаров (работ, услуг). В то же время согласно п. 1 ст. 172 НК РФ вычеты сумм налога, предъявленных при приобретении (уплаченных при ввозе на территорию РФ) основных средств, оборудования к установке и (или) нематериальных активов, производятся после принятия их на учет в полном объеме.
Таким образом, компания вправе заявить к вычету НДС на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет товаров (работ, услуг), за исключением основных средств, оборудования к установке и (или) нематериальных активов.