В целях исчисления налога на прибыль организаций в состав материальных расходов включаются потери от недостачи и (или) порчи при хранении и транспортировке материально-производственных запасов в пределах норм естественной убыли, утвержденных в порядке, установленном Правительством РФ (подп. 2 п. 7 ст. 254 НК РФ). Таким образом, потери, превышающие нормы естественной убыли, не могут быть учтены в составе материальных расходов.
Но это не значит, что такие потери вообще нельзя учесть. Согласно подп. 5 п. 2 ст. 265 НК РФ к внереализационным расходам приравниваются расходы в виде недостачи материальных ценностей в производстве и на складах, на предприятиях торговли в случае отсутствия виновных лиц, а также убытки от хищений, виновники которых не установлены. В данных случаях факт отсутствия виновных лиц должен быть документально подтвержден уполномоченным органом государственной власти.
Такие разъяснения содержатся в письме Минфина России от 06.07.2015 № 03-03-06/1/38849.