Налоговой базой по НДС при реализации товаров (работ, услуг), в том числе на экспорт, является стоимость этих товаров (работ, услуг), исчисленная исходя из рыночных цен, определяемых в соответствии со ст. 105.3 НК РФ, и без включения в них НДС (п. 1 ст. 154 НК РФ).
Если правомерность применения нулевой ставки НДС по экспортированным товарам подтверждена налогоплательщиком в установленном порядке, то стоимость реализуемых товаров, исчисленная по рыночным ценам и предусмотренная контрактом на поставку этих товаров с иностранным лицом, включается в налоговую базу, в отношении которой применяется нулевая ставка. При неподтверждении налогоплательщиком права на применение нулевой ставки указанная стоимость включается в налоговую базу, подлежащую налогообложению по ставке НДС в размере 18 (10)%.
Исчисленный в связи с неподтверждением права на применение нулевой ставки НДС для целей исчисления налога на прибыль включается в состав прочих расходов, связанных с производством и (или) реализацией на основании подп. 1 п. 1 ст. 264 НК РФ.
Аналогичный вывод содержится в постановлении Президиума ВАС РФ от 09.04.2013 № 15047/12.