Минфин России в письме от 07.12.2016 № 03-07-07/72912 рассказал об обложении НДС стоимости НИОКР, выполняемых соисполнителями за счет средств федерального бюджета.
Согласно подп. 16 п. 3 ст.149 НК РФ от обложения НДС освобождаются НИОКР, выполняемые за счет средств бюджетов. Таким образом, не облагаются НДС научно-исследовательские работы, выполняемые за счет средств бюджетов как исполнителями, так и соисполнителями этих работ. Основанием для освобождения от налогообложения может являться договор на выполнение работ с указанием источника финансирования, а также письменное уведомление (справка) заказчика, которому выделены средства непосредственно из федерального бюджета, в адрес исполнителей и соисполнителей о выделенных ему бюджетных средствах на оплату указанных работ.
При этом, если налогоплательщик осуществляет операции как подлежащие налогообложению, так и освобождаемые от налогообложения, то в соответствии со ст. 149 НК РФ он обязан вести раздельный учет таких операций.
Когда финансирование НИОКР осуществляется за счет иных источников (небюджетных средств), данные работы не освобождаются от обложения НДС.