Согласно п. 3 ст. 169 НК РФ обязанность составлять счета-фактуры, вести журналы учёта полученных и выставленных счетов-фактур, книги покупок и книги продаж возложена на налогоплательщиков НДС.
Обособленные подразделения организаций налогоплательщиками НДС не являются. Поэтому в случае если товары реализуются организацией через свои подразделения, счета-фактуры по отгруженным товарам могут выписываться этими подразделениями покупателям только от имени организации. При этом при заполнении счетов-фактур по товарам, реализованным подразделениями указанной организации, в строке 2б «ИНН/КПП продавца» указывается КПП соответствующего подразделения.
Соответственно, при приобретении товаров такой организацией в счёте-фактуре в строке 6б «ИНН/КПП покупателя» указывается КПП организации, который содержится в указанном уведомлении, а при приобретении товаров подразделениями организации по строке 6б «ИНН/КПП покупателя» - КПП соответствующего подразделения.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина от 17.09.2009 № 03-07-09/47.